Die Geschichte spielt auf der Gefängnisinsel Carnate Island (die vom Aufbau und der Geschichte stark an die Gefängnisinsel Alcatraz erinnert), auf der hauptsächlich Schwerverbrecher einsitzen. Torque, dessen Rolle der Spieler übernimmt, wird zu Beginn des Spiels im Todestrakt eingeliefert, weil er seine Familie ermordet haben soll. Kurz nachdem er seine Zelle betreten hat, bebt die Erde. Das Licht fällt aus und Todesschreie hallen durch die dunklen Gänge. Torques Zellentür wird von einer unbekannten Macht aufgesprengt, so dass der Weg für seine Flucht frei wird. Es stellt sich heraus, dass die Insel von alptraumhaften Kreaturen überrannt wurde, die meistens Personifikationen verschiedener Hinrichtungsarten darstellen. Torque weiß nicht, was Realität und was Wahn ist, versucht jedoch alles, um von der Insel zu fliehen. In verschiedenen Visionen werden allmählich Details seines Familiendramas enthüllt, das zu seiner Verurteilung führte. In der Rolle von Torque hat der Spieler in zahlreichen Schlüsselszenen die Freiheit, sich für das Gute oder das Böse zu entscheiden, beispielsweise wenn ihn ein anderer Überlebender um Hilfe bittet. Die Art, wie sich der Spieler in diesen Szenen verhält, wirkt sich auf den Fortgang und das Ende der Geschichte aus.
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