14 Jahre nach dem Third Impact wird Shinji aus Evangelion Einheit-01 geborgen und landet in den Händen der Organisation WILLE. An Bord von deren fliegendem Schlachtschiff Wunder übersteht er einen Angriff der Engel, bevor er mit EVA Mark 09 fliehen kann. Er gelangt in die Ruinen des Hauptquartiers von NERV, wo ihm sein Vater Gendo mitteilt, dass er die neue Evangelion Einheit-13 steuern soll. Shinji freundet sich mit Kaworu an, mit dem er später in Richtung des Zentral Dogmas aufbricht, um den Third Impact rückgängig zu machen.
Dritter von vier geplanten Anime-Langfilmen, mit denen Schöpfer
Hideaki Anno den Inhalt seiner erfolgreichen 26-teiligen TV-Serie "Neon Genesis Evangelion" noch einmal neu erzählen möchte. Im Mittelpunkt steht einmal mehr das von Selbstzweifeln geplagte Wunderkind Shinji, das hier zwischen den kriegerischen Auseinandersetzungen mit Enthüllungen hinsichtlich seiner Mutter und seiner Freundin Rei konfrontiert wird.
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