Nach den Ereignissen in Teil 2 wird die schwer verletzte Eve (
Natasha Henstridge) zurück zur Militärbassis gebracht. Auf dem Weg dort hin läuft aber wieder einiges schief.
Eve gebärt eine Tochter und wird anschließend von einem Alien-Mensch-Hybriden getötet. Das Neugeborene schnappt sich der Wissenschaftler Dr. Abbott, der zusammen mit seinem begabten Schüler Dean die perfekte Alienrasse mit Saras - wie er das Alien nennt - Genen züchten will. Doch auch die Alien-Mensch-Hybriden brauchen Saras Gene, um das Überleben ihrer Spezies sicherzustellen, denn die Hybriden sind mit einem fatalen Gen-Defekt ausgestattet.
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